秸杆处理应将秸杆粉碎到细度，然后还必须向其中添加适量的家禽粪尿或污泥等原料调整堆肥物料的碳氮比和水分，或者添加菌种和酶。 一是前发酵，可在露天或发酵装置内进行，通过翻堆式强制通风为堆积层或发酵装置供给氧气，以秸杆为主体添加畜禽粪便，好氧堆肥的主发酵期约为3～10天。二是后发酵，经过主发酵的半成品送到后发酵工序，将主发酵工序尚未分解的易分解有机物和较难分解的有机物进一步分解，使之变成腐殖酸、氨ji酸等稳定的有机物，得到腐熟的有机肥制品，后发酵时间通常在20～30天以上。有效活菌数达不到标准的微生物肥料不能购买，国家规定微生物菌剂有效活菌数≥2亿/克（颗粒1亿/克），复合微生物肥料和生物有机肥有效活菌数≥2000万/克。如果达不到这一标准，说明产品质量达不到要求。 施用菌肥的温度是25-37摄氏度，低于5摄氏度，高于45摄氏度，施用效果较差。对高温、低温、干旱条件下的农作物田块不宜施用。同时还应掌握固氮菌最适温度土壤的含水量是60%-70%。